Fue para la segunda generación, presente de 2003 a 2009, cuando el Prius dejó ese aspecto de sedán para adoptar el estilo de liftback que hasta la fecha se hace presente. Además de los cambios en el diseño exterior e interior, este capítulo también vio mejoras en la aerodinámica, eficiencia 4,3 L/100km, desempeño y aceleración.