Un año atrás el Mustang había recibido un rediseño en aras de ofrecer una apariencia más agresiva y deportiva. Los cambios principales se notaban en los arcos de rueda ensanchados, nuevos baúl y parrilla, así como paragolpes y faros. Para el año 2000 llega el tercer SVT Cobra R con un un V8 DOHC de 5.4 litros y 385 CV. Asimismo se ofrecía por primera vez en un Mustang una caja manual de seis cambios.